Répandues et relativement abondantes en Europe au début du 20e siècle, la plupart des espèces de chauves-souris ont connu une régression de leur effectif et de leur répartition au cours des dernières décennies. Cet affaiblissement des populations résulte d’une somme de facteurs :
Perte d'habitats
Inféodées aux endroits calmes, sombres et abrités, les chauves-souris logent principalement dans les cavités, dans les combles et fissures de nos bâtis ou dans les arbres creux. La fermeture totale des combles et interstices (pour améliorer l’isolation thermique) des maisons et bâtiments publics, la condamnation des grottes naturelles ou des carrières souterraines ainsi que l’abattage des arbres morts ou sénescents sont autant d’abris qui disparaissent, privant les chiroptères de refuge pour dormir, hiberner ou élever leurs petits. L’arrachage des haies bordant les cultures représente la suppression d’une zone de transit et de chasse pour les chauves-souris, fragmentant ainsi les patchs d’habitat favorable.
Réduction de la ressource alimentaire
Insectivores strictes, les chauves-souris dépendent étroitement des populations d’insectes présentes sur leur territoire. L’utilisation massive d’insecticides dans les champs, l’artificialisation des cours d’eau, la destruction des haies conduisent à la raréfaction de cette ressource alimentaire. De plus, l’ingestion d’insectes contaminés par les pesticides entraine l’accumulation des composés toxiques dans la graisse brune (utilisée comme réserve d’énergie pour l’hibernation) et conduit à l’intoxication des chauves-souris pendant leur « sommeil » hivernal. Enfin, la pollution lumineuse, bien que facilitant la capture des insectes en les attirant, empêche la ponte de ceux-ci sur les plantes nourricières et mène à la diminution de leur effectif à moyen et long terme.
Dérangement
La fréquentation des cavités peut avoir un impact très néfaste sur les colonies de chiroptères. En effet, la chaleur corporelle dégagée par les visiteurs peut suffire à provoquer la sortie d’hibernation des chauves-souris (très énergivore) et épuiser prématurément leurs réserves, les condamnant à mourir d’épuisement. En période de gestation, la dérangement par des humains ou des prédateurs peut entrainer l’avortement de certaines femelles. N’ayant qu’un petit par an, leur reproduction en sera fortement réduite.
Collisions
Malgré leur habilité en vol, les chauves-souris ne parviennent pas toujours à éviter les obstacles mobiles. Les pales d’éoliennes représentent un réel danger si elles sont placées sur des couloirs de déplacement ou des terrains de chasse. De la même manière, la circulation routière est une cause de mortalité avérée mais dont on ignore encore l’importance faute d’étude sur le sujet.
Autres
La prédation par le chat domestique peut être négligeable ou catastrophique si celui-ci a accès à une entrée de gîte. Des colonies entières ont ainsi été décimées.
Le papier tue-mouche, si pratique en été, représente un piège aussi dangereux qu’attrayant. Appâtée par les insectes facilement accessibles, la chauve-souris peut s’engluer et ne plus pouvoir se détacher.
Les points d’eau (piscine, récupérateur d’eau de pluie etc…) peuvent être la cause de noyade si une pente douce ou un flotteur ne permettent pas à la chauve-souris, bonne nageuse, de sortir de l’eau pour redécoller.